Thoái hóa giống thường là kết quả của sự tắc nghẽn quần thể. Nói chung, biến thể di truyền hoặc vốn gen trong quần thể giống càng cao, thì khả năng thoái hóa giống càng ít. Thoái hóa giống dường như có ở hầu hết các nhóm sinh vật, nhưng khác nhau giữa các hệ thống giao phối. Các loài bị thoái hóa thường biểu hiện mức độ suy thoái giao phối cận huyết thấp hơn so với các loài lai xa, vì các thế hệ tự lai lặp đi lặp lại được cho là loại bỏ các alen có hại khỏi quần thể. Ví dụ, loài giun tròn lai xa (giun tròn) Caenorhabditis remanei đã được chứng minh là bị thoái hóa giống nghiêm trọng, không giống như họ hàng lưỡng tính của nó là Caenorhabditis elegans.

Giao phối cận huyết (tức là lai tạo giữa các cá thể có quan hệ họ hàng gần nhau) dẫn đến các tính trạng lặn biểu hiện nhiều hơn, vì bộ gen của các cặp giao phối giống nhau hơn. Tính trạng lặn chỉ có thể xảy ra ở thế hệ con cái nếu có trong bộ gen của cả bố và mẹ. Bố mẹ càng giống nhau về mặt di truyền thì tính trạng lặn thường xuất hiện ở con cái của chúng. Do đó, các cặp sinh sản càng có quan hệ gần gũi thì con cái càng có nhiều gen đồng hợp tử, có hại, dẫn đến những cá thể rất không phù hợp. Đối với các alen quy định ưu thế ở trạng thái dị hợp tử và/hoặc đồng hợp tử trội, mức độ phù hợp của trạng thái đồng hợp tử-lặn thậm chí có thể bằng không (có nghĩa là con cái vô sinh hoặc không có khả năng sinh sản).

Một cơ chế khác gây ra thoái hóa giống do giao phối cận huyết là lợi thế về thể chất của dị hợp tử, được gọi là ưu thế vượt trội. Điều này có thể dẫn đến giảm khả năng sinh sản của một quần thể có nhiều kiểu gen đồng hợp tử, ngay cả khi chúng không phải là gen gây hại hoặc tính trạng lặn. Ở đây, ngay cả các alen trội cũng làm giảm tính trạng nếu xuất hiện đồng hợp tử. Hiện tại, người ta vẫn chưa biết cơ chế nào trong số hai cơ chế phổ biến hơn trong tự nhiên. Đối với các ứng dụng thực tế, ví dụ: trong chăn nuôi gia súc, con đời trước được cho là có ý nghĩa hơn nó có thể sinh ra những con hoàn toàn không khỏe mạnh (có nghĩa là thất bại hoàn toàn về phả hệ, bổn bang), trong khi những cá thể sau chỉ có thể dẫn đến giảm sức chống chịu tương đối.